西元	獎別
2022	本會榮獲第六屆堉璘台灣奉獻獎 肝基會董事長許金川教授榮獲第卅二屆醫療奉獻獎個人獎 台灣企業永續學院主辦的亞太暨台灣永續行動獎(Asia-Pacific Sustainable Action Award, APSAA)，肝基會以「全島一肝 今年超了沒」榮獲2022亞太永續行動獎銅獎、台灣永續行動獎—最佳行動方案銀獎。
2021	肝基會與艋舺龍山寺、瑞昱半導體、聰泰科技榮獲「2021年亞洲企業社會責任獎(健康推廣組)」
2020	肝基會與台北市衛生局合作BC型肝炎防治網，製作「肝心為你，共同打造健康生活」影片，榮獲國民健康署衛教素材「動畫類銅獎」 肝基會與艋舺龍山寺、瑞昱半導體、聰泰科技合作，12小時內完成8032人無紙化的「健康認知問卷調查」，創金氏世界紀錄
2019	肝基會董事長許金川教授榮獲吳尊賢愛心獎(公益服務獎)
2018	肝基會董事長許金川教授榮獲衛生福利部衛生專業獎章
2017	肝基會董事長許金川教授榮獲第二屆蔡萬才台灣貢獻獎 肝基會董事長許金川教授榮獲臺灣大學傑出校友獎 榮獲「第二十七屆醫療奉獻獎」團體獎
2016	榮獲第四屆國民健康署「健康促進貢獻獎」 榮獲國家品質標章獎SNQ
2015	財團法人肝病防治學術基金會「好心肝志工團隊」榮獲臺北市政府衛生局「104年度臺北市衛生保健志願服務—志工團隊楷模獎」 榮獲金氏世界紀錄—單日免費超音波檢查人數2434人
2014	榮獲教育部「社教公益獎」-推展社會教育有功團體獎
2013	榮獲教育部績優教育基金會評鑑「優等」
2011	肝基會董事長宋瑞樓教授榮獲教育部「社教公益獎個人獎」 肝基會董事長宋瑞樓教授獲頒「第二十一屆醫療奉獻獎」特殊貢獻獎
2010	B肝治療桌曆（衛教文宣）榮獲國民健康局評定「2010優良衛生教材」
2008	「好心肝花園」海報組榮獲國民健康局評定「2008優良衛生教材」 「快樂人生寶貝肝」光碟榮獲國民健康局評定「2008優良衛生教材」
2007	肝基會榮獲公共網路文教基金會「NGO 網站設計貢獻獎」，行政院研考會推動 長期辦理「癌症病友服務品質提昇計劃」與「偏遠地區肝癌篩檢計肝病防治宣導計劃」，獲衛生署疾病管制局頒發「政策推動類(非公務)防疫獎勵」
2005	肝基會榮獲國民健康局「優良健康教材」 肝基會榮獲教育部績優教育基金會評鑑「績優」 肝基會榮獲教育部「社教公益獎—推展社會教育有功團體獎」
2004	「愛肝加油站」榮獲國民健康局評定「2004年優良健康好書」 與各大醫療院所合作舉辦「免費肝炎大檢驗暨肝病防治講座」，於媒體刊載肝病防治知識、發行各類肝病防治刊物，榮獲教育部評定「績效優良」
2003	網站榮獲行政院衛生署評鑑「優良醫療網站獎」 國際扶輪社贊助推出全國第一輛「肝病防治巡迴篩檢車」
2001	長期辦理肝炎檢驗、肝病防治講座、肝病研究及設置「肝病防治優秀論文獎」、「研究獎助金」，榮獲教育部頒贈「推展社會教育有功團體獎」 肝基會董事長宋瑞樓教授獲頒「總統科學獎」 「好心肝資訊網」(http://www.liver.org.tw/)」 獲行政院衛生署頒發「優良醫療網站獎」
1999	肝基會執行長許金川教授榮獲「第一屆國家公益獎」